Esenciálny olej sa získava pomocou extrakcie prchavých zložiek rastlín. Najtradičnejšou formou získavania týchto prchavých zložiek je destilácia pomocou vodnej pary. Existujú aj iné spôsoby extrakcie (pomocou rozpúšťadla, hyperkritickým CO2), no esenciálne oleje používané na terapiu by mali byť získané destiláciou vodnej pary pretože tak neobsahujú zložky rozpúšťadla, ktoré môžu byť toxické pre organizmus. Výnimku predstavujú citrusové plody, z ktorých sa získávajú tzv.esencie, čiže extrakt z kôry citrusu získaný lisovaním za studena. Ďalšou výnimkou sú rastliny, ktoré sú také krehké, že sa ich volatilné zložky nedajú získať destiláciou vodnou parou ako napríklad jasmín a existujú vo forme tzv. absolútov. Tie sa vyrábajú najčastejšie extrakciou v rozpúšťadle, ktorým je obvykle alkohol.

Ako príklad môže byť uvedená levanduľa. Ak je v slovenčine (alebo v inom jazyku) napísané na fľaštičke len levanduľa, neviete, z akej levandule bol esenciálny olej spracovaný. Dva najčastejšie druhy používané v aromaterapii sú Lavandula angustifolia a Lavandula latifolia. Okrem zľahka inej vône, keďže majú iné zloženie, majú aj iné účinky a v neposlednom rade aj iné kontraindikácie - Lavandula latifolia by sa nemala používať u detí do 12 rokov a u tehotných a dojčiacich žien, a taktiež nie u osôb s neurologickými poruchami ako napríklad epilepsia. Dôvodom je látka, ktorú obsahuje vo zvýšenom množstve a je neurotoxická.

Opäť príklad: Koriander  Coriandrum sativum.  Ak sú destilované  listy zloženie je iné ak boli destilované semená rastliny.

Hovorí to o kvalite esenciálneho oleja, keďže najkvalitnejšie rastliny pochádzajú z ich domáceho prostredia a z lokality s dlhodobou tradíciou v pestovaní danej rastliny. Napríklad najkvalitnejšie esenciálne oleje z ruže (Rosa damascena) pochádzajú z Bulharska alebo Iránu.  

Chromatografia je technika, ktorá umožňuje zistiť chemické zloženie jednotlivých esenciálnych olejov. Jednotlivé chemické zložky majú iné využitie a iné kontraindikácie, čiže zloženie (typy jednotlivých chemických zložiek a ich percentuálny obsah) je dôležitý. Nie každá rastlina je rovnaká od iného producenta a prípadne aj v inom roku - percentuálne zastúpenie jednotlivých zložiek sa môže líšiť, čo je podstatné najmä pri toxických prvkoch. Napríklad Eucalyptus globulus od jedného dodávateľa môže obsahovať 5% ketónov, ktoré sú toxické pre nervový systéme a od iného dodávateľa až 40%. Preto má každá šarža kvalitného esenciálneho oleja spravenú chromatografiu.

Bohužiaľ aromaterapia nie je taká presná ako lieky v modernej medicíne. Je to dané tým, že každý esenciálny olej obsahuje množstvo zložiek a aj esenciálne oleje z tej istej rastliny od iného dodávateľa môžu mať mierne odlišné zloženie. Čiže štúdie, kde tisícky ľudí dostanú ten istý prípravok, nie sú vždy úplne porovnateľné ako keď porovnávate ten istý liek, ktorý je chemicky vyrobený a má tým pádom stále to isté zloženie. Z tohto dôvodu sa školy aromaterapie zakladajú na publikáciách kníh, ktoré sú založené na pozorovaní a vedomostiach o jednotlivých chemických zložkách rastlín. Preto je možné nájsť niekedy rozdiely užívania aj v knihách, ktoré slúžia ako referencie aromaterapie v jednolivých krajinách, pretože neexistuje taká jednotnosť ako u klasických liekov, kde sú presne stanovené dávky užívania na základe už spomínaných klinických štúdií a testov.

Tak ako na liek alebo kozmetický prípravok, aj na esenciálny olej môže existovať alergia. Navyše esenciálne oleje sami o sebe obsahujú veľa zložiek, ktoré sú označené za alergény a musia byť vypísané aj napríklad na kozmetických výrobkoch. Práve preto je dôležité ich používať v čo najnižších koncentráciách,  čiže nie čisté esenciálne oleje ale riedené napríklad v rastlinnom oleji.

V rámci aromaterapie sa uprednostňuje využívanie takzvaných synergií, čiže zmesy esenciálnych olejov, ktoré pôsobia v harmónii. Príkladom je zmes olejov pri vírusovom zápale horných dýchacích ciest - kombinujú sa do zmesy oleje, ktoré majú zložky v boji proti infekcii, protizápalové, mukolytické (umožňujúce lepšie odstraňovanie hlienov), prípadne efekt proti kašľu.